南瓜蛋白及其编码基因涉及生物化学领域。本发明公开了从中国南瓜(Cucurbita moschata)瓜瓤中提取的一种核糖体失活蛋白--南瓜蛋白cucurmosin的成熟蛋白的氨基酸序列及其编码基因的核苷酸序列。一级结构和晶体结构分析表明它是类型1核糖体失活蛋白，具有抗肿瘤，抗病毒，特别是抗艾滋病毒作用，为获得药用蛋白质或制备免疫毒素提供关键技术。